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Le sergent Keroro, venu de la 58e planète de la nébuleuse Gamma, chef de l'unité de manoeuvre des forces spéciales armées pour l'invasion de l'univers, s'est fait capturer sans difficulté par la famille Hinata chez qui il s'était infiltré pour préparer sa mission. Encouragé par la cordialité de Fuyuki, le fils aîné de la famille Hinata, il s'installe chez eux et s'occupe des tâches ménagères. Mais aujourd'hui encore, avec ses quatre subordonnés (quatre autres bestioles), il tente plus ou moins de mettre au point un plan d'invasion de Pokopen...
La dernière fois, l'unité Keroro a profité du voyage scolaire de Natsumi pour se rendre à Kyoto, sans savoir que cette ville était le repaire des Tairens, un clan de ninjas déserteurs qui appartenaient autrefois à l'organisation secrète des ninjas. Ces derniers ont kidnappé Natsumi, mais heureusement, Keroro et son unité sont arrivés à la rescousse et ont pu la sauver à temps !! De retour dans la paisible maison des Hinata, quel sera maintenant le prochain défi de Keroro ?