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le 27 décembre 1831, Le Beagle appareille pour un long voyage autour du monde écrit Jules Berries à sa fille Maddy. A son bord le jeune naturaliste Darwin fait partie de l'expédition il a 22 ans et réalise son plus grand rêve. Au fil des escales et de ses observations, il imagine de nouvelles théories qui vont bouleverser le monde scientifique. Dans sa cabine des choses disparaissent, sur le pont les accidents se multiplient. L'équipage accuse Darwin de tous les mots, il parle avec le diable, appelle les âmes perdues, déclenche les tempêtes... Heureusement Jules et Victor deux des petits mousses du bateau se prennent d'amitié pour ce drôle de jeune homme et vont l'aider à déjouer les pièges tendus. Qui veut la perte du jeune Darwin et pourquoi se demandent-ils ? De Bahia à Rio, de la Terre de Feu aux Galapagos, ou encore à Tahiti, ils découvriront avec Darwin au fil des escales, l'incroyable mystère des espèces vivantes, leurs évolutions, leurs liens et résoudront bien des énigmes.