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An 2000. Un astéroïde frappa la Terre, provoquant un cataclysme sans précédent. Les humains qui survécurent construisirent une nouvelle ville, Tokyo-3, et s'apprêtaient à vivre enfin en paix lorsque de mystérieuses créatures appelées " Anges " apparurent, semant la terreur et la destruction.
Enfin, la N.E.R.V. obtient ce qui faisait le plus défaut : un pilote. Grâce à son habileté et ses instincts, Shinji, aux commandes du robot de combat EVA-01, repousse un premier assaut. Mais, à peine la victoire fêtée, un nouvel Ange encore plus destructeur et toujours aussi mystérieux se présente aux portes de Tokyo-3...